傳統上，MES系統一度被視為ERP(第4層)與控制和自動化層(第2層)之間的解釋層。在該角色中，MES系統的目的就是記錄、控制所有來自于ERP層的產品訂單(以幾乎實時的方式)。實現的方式，就是通過與控制層的接口，來收集和提供實時產品數據，并將所有必要的物流和財務相關數據傳回ERP系統。
MES系統與ERP是功能互補還是重疊？
但是，僅僅這樣來定義EMS的功能，并不能判定其在提高生產制造能力、質量和靈活性方面所具有的巨大潛力。它處理實時數據、執行業務規則，并將其與工程、質量和生產質量流程整合起來的能力，使其成為持續改進的理想平臺。
1.靈活的架構
要想發揮MES真正的潛力，需要將注意的焦點，從試圖在分類目錄中定義每件事的位置，轉向定義為了實現最終用戶產品價值的最大化所需的事。自從生產制造企業解決方案協會(MESA)開發出第一套模型以來，MESA和行業普遍認為，在生產制造公司內共存的不同系統之間的界限是流動的，而不是僵化不變的。
在考察ERP 和 MES軟件之間的界限時，可以發現很多功能之間，有明顯的重疊。比如，計劃、訂單控制、人力資源和維護管理，當然這只是舉了幾個例子。在組成MES層和監控層(第2層)的活動中，也可能存在功能重疊。
先進的分析框架，有助于幫助企業確定在不同層面上部署系統的可行性、工作量、費用、靈活性、以及可維護性。例如，由CGI/Logica創建的框架，歸納了15種類型的問題，可以幫助生產制造企業確定其軟件需求。部署系統的標準包括：
分辨率: 進行追蹤所需的數據分辨率是多少?
響應: 運行所需的是實時數據嗎?還是可以以批處理的方式進行?
可配置性: 該配置是否具有開箱即用的產品特性，還是必須進行客戶定制開發?
可改變性:生產制造過程在確定的時間內必須保持穩定，還是需要頻繁的改變或修正?
2.模塊化的MES
相較于包含所有可能功能的整體解決方案，MES必須由一系列的模塊組成，這樣工廠就可以根據其業務情況，從中選擇合適的模塊來實施。模塊化通過以下方面來提供幫助：
可擴展性：由于策略問題或者人員或者財務資源等方面的原因，生產制造商希望逐步部署所需的功能;
遷移：與可擴展性類似，功能模塊需要逐步引入，與此同時保持與原有解決方案的交互;
領域專業化：盡管MES可以提供的功能涵蓋的范圍非常廣泛，但是并不包括某些特殊行業的需求。
模塊化不能增加到現有軟件產品中去。產品在初始階段，就必須按照模塊化設計，并且通過結構化或者基于解決方案的框架，為將來的擴展保持開放狀態。
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